Myślą przewodnią badań dr. hab. Mikołaja Tomaszyka, prof. UAM,  jest interdyscyplinarne podejście do zarządzania i funkcjonowania miast, szczególnie w kontekście polityki miejskiej, bezpieczeństwa oraz transportu. Jego prace koncentrują się na takich aspektach jak:

1. Bezpieczeństwo w przestrzeni miejskiej – zwraca uwagę na subiektywne i obiektywne poczucie bezpieczeństwa w miastach, zwłaszcza w kontekście transportu publicznego i zarządzania kryzysowego. Prowadzi badania nad poczuciem bezpieczeństwa w publicznym transporcie zbiorowym.
2. Polityka transportowa miast – (habilitacja) bada, jak miasta zarządzają transportem publicznym, szczególnie w obliczu wyzwań takich jak pandemia COVID-19. Analizuje, jak zmieniają się zachowania mieszkańców i jakie rozwiązania mogą zwiększyć efektywność transportu.
3. Samorząd i zarządzanie miastem (praktyka) – podkreśla znaczenie mieszkańców w kształtowaniu polityki miejskiej i efektywnego zarządzania miastami, wskazując na konieczność równowagi między rozwojem a ekologią. Bliska mu jest etyka troski i koncepcje miast troskliwych. Dostrzega zbieżność teorii integracji europejskiej z teoriami integracji metropolitalnej.

Jego badania mają na celu wskazanie optymalnych strategii zarządzania miastami, zwłaszcza miastami dużymi i ich obszarami funkcjonalnymi, tak aby były one bardziej zrównoważone, bezpieczne i przyjazne dla mieszkańców.